Spunky is een moedige hond. Hij heeft gemerkt dat er een invasie van buitenaardse wezens gaande is, en in zijn zelfgebouwde ruimteschip gaat hij de aliens te lijf. Na iedere ronde kun je upgrades kopen met het geld dat je tijdens het vuurgevecht hebt verdiend.

Je gaat met Zero naar het verleden. Na een tijdje kom je megaman tegen, eerst herken je elkaar niet en ga je tegen elkaar vechten, maar als je sterker dan Megaman bent, ga je verder en ben je weer vriend, net zoals vroeger.