Help Wolverine en de X-Men om alle slechte robots te vernietigen en de grootste gemenerik te verslaan. Nadat je meerdere vijanden hebt verslagen, bereikt je woedeniveau zijn toppunt, waardoor je aanvallen een tijd lang krachtiger worden.

Je gaat met Zero naar het verleden. Na een tijdje kom je megaman tegen, eerst herken je elkaar niet en ga je tegen elkaar vechten, maar als je sterker dan Megaman bent, ga je verder en ben je weer vriend, net zoals vroeger.